质粒也可以随机整合到基因组上，但是质粒转染细胞的效率不如慢病毒高，且整合概率极低，容易出现随着细胞传代外源基因丢失的情况。慢病毒感染效率高，可以长期稳定的整合在基因组且在细胞传代中不容易丢失，在构建、筛选过程中相比质粒工作量要少一点。