ssAAV（单链AAV）载体的病毒基因组是单链DNA分子，在宿主细胞中表达需要先复制为双链DNA后再开始表达，这就限制了其表达速度，通常感染后第二周才开始表达。而scAAV（自互补AAV）则是在ssAAV的基础上改造的，将单链基因组设计为反向互补的重复序列，感染细胞后会自我折叠形成双链基因组，从而绕过限速步骤，大大缩短了表达时间和提高了表达效率，感染后一周左右即可达到表达的高峰；但也因为将一部分基因组设计为重复序列，所以载体容量相较于ssAAV减少一半。