1）结构：siRNA是短小的双链RNA分子，通常长度为20-25个碱基。siRNA通过与靶基因的mRNA特异性杂交，诱导RNA酶切割目标mRNA，从而抑制基因表达。shRNA的结构类似siRNA，但是更长，包括一个短的双链RNA区域和一个形成发夹结构的短的单链RNA区域。

2）导入细胞方式：siRNA可以直接转染细胞，转染困难的细胞难转染；shRNA可以通过质粒、病毒的方式导入细胞。

3）稳定性：siRNA稳定性低，容易降解，寿命短；shRNA稳定性高；

4）表达方式：siRNA通过直接化学合成，shRNA在聚合酶II型或III型启动子下驱动转录。

5）作用时效：siRNA作用时间较短，一般一周左右；shRNA需要经过细胞内转录和加工，作用时间较长，可以持续数星期甚至更长时间。