克隆载体和表达载体在功能和结构上存在显著差异：‌

‌功能差异‌：‌克隆载体主要用于克隆和扩增DNA片段，‌它具有较强的复制能力，‌利于基因的保存和扩增，‌并提供丰富的酶切位点，‌但不注重表达；‌而表达载体则侧重于在特定细胞内表达目的基因，‌具有各种启动子以适应不同种类的细胞，‌并具备可控的表达调控方式。‌

‌结构差异‌：‌克隆载体通常包含一个的复制子，‌能带动外源基因在宿主细胞中复制扩增，‌且不具有强启动子；‌表达载体则除了具有克隆载体的基本元件外，‌还包含转录和翻译所必需的DNA元件，‌如启动子、‌增强子、‌SD序列和终止子等。‌