选择将标签融合到目标蛋白的C端还是N端，很大程度上取决于蛋白本身：蛋白的折叠方式，以及末端是否有功能要求。

1）对于蛋白太小容易被降解的和比较难表达的蛋白，可以利用N端的蛋白标签。这样既能保证蛋白的稳定性，也对外源蛋白的免疫原性影响也很小，该法适用于表位筛选。

2）如果目的蛋白是分泌蛋白或在N端有特殊结构，就会遇到在目的蛋白被切掉或被包埋的风险，此时蛋白标签需放在C端。

3）如果目的蛋白的C端内部折叠，融合蛋白放在C端可被检测到的可能性非常小，此时蛋白标签需放在N端。

4）在目的蛋白结构未知的情况下，可以分别于两端构建标记的表达克隆，以确定哪个更有效。