蛋白标签的具体功能主要包括以下几个方面：识别，纯化，定量，定位和示踪；那么如何选择合适的标签蛋白呢？

①       首先需要确定融合标签的目的，蛋白纯化首选His-Tag，Western blot首选Flag-Tag，免疫共沉淀可选择Flag标签或其他常用标签（如HA、c-Myc），观察荧光或活细胞成像则应该选择荧光蛋白或荧光素酶等。

② 考虑融合蛋白的影响：任何一类标签位于氨基酸序列的任一位置，都有影响目的蛋白表达或其功能的可能。最主要的原因是标签可能会干扰蛋白的正确折叠，致使目的蛋白失活或形成包涵体；其次，标签可能会中断亚细胞的定位信号，导致细胞能够正确翻译和折叠，但是所在细胞的位置是错误的，因此需要考虑添加的标签是否对目的蛋白的表达有影响。