siRNA与RNA诱导的沉默复合物（RNA induced silencing complex, RISC）的多蛋白组分复合物结合。在RISC复合物中，siRNA链被分离，具有更稳定的5′末端的链通常被整合到活性RISC复合物中。然后，反义单链siRNA组分引导并排列在靶mRNA上，并通过催化RISC蛋白[Argonaute family（Ago2）]，使mRNA被切割。