缺点：不同于质粒转染或病毒感染方式，会导致Cas9蛋白在细胞内持续表达。RNP复合物转导入细胞后，Cas9蛋白在一定时间内即会降解，在一定程度上可以降低脱靶效应。

优点：操作简便快捷，在体外将Cas9蛋白和gRNA或crRNA+tracrRNA混合，转导细胞后即可进行基因编辑，由于不需要转录、翻译的过程，RNP体系可以实现即时快速的基因编辑。另外，RNP方式避免了外源基因插入的风险，不容易引起机体的免疫反应，并且，相对mRNA，Cas9蛋白更加稳定，形成的RNP复合物可以提高gRNA或crRNA+tracrRNA的稳定性。