mRFP-EGFP-LC3中的mRFP用于标记及追踪LC3，而EGFP主要用于指示自噬小体与溶酶体融合以形成自噬溶酶体，进而检测自噬流。其中主要是利用EGFP对酸性环境敏感的特性，即在酸性环境中EGFP的荧光会发生淬灭，当自噬小体与溶酶体融合后因EGFP淬灭，而只能检测到红色荧光，从而可清晰地观察到细胞自噬流的情况。