三种阴性对照的作用如下：
（1）阴性对照siRNA：
siRNA阴性对照（siRNA NC）组，siRNA 阴性对照不靶向任何基因，作为目的基因siRNA组的严格对照组，用于说明 siRNA 作用特异性。
（2）CY3或FAM标记阴性对照siRNA：
带荧光标记的siRNA阴性对照组，与阴性对照siRNA组的区别只在于带有荧光标记，用于指示转染效率，建议最好每一次实验都包含该组。（CY3：激发光550nm，发射光570nm；FAM：激发光492nm，发射光518nm。）
（3）RNAi阳性对照siRNA：
针对管家基因（如GAPDH）或报告基因（如luciferase）等已经验证有效的siRNA，通过对敲低效率的检测，来说明转染效率和检测方法是否正常。