siRNA和shRNA在结构上是不一样的，siRNA为化学合成，使用浓度一般为5uM，浓度较高，瞬时转染时如细胞转染效率尚可，瞬时进入细胞中的分子数超过10^8，且不需要经过剪切加工就可和靶点结合，干扰效率高。

将有效的siRNA做成shRNA的形式构建到质粒或病毒载体上进行表达，转录出发夹RNA，再经过一系列酶的剪切加工，才形成可以和靶点结合的干扰RNA。这个过程中可能因进入细胞的外源基因拷贝数低，以及转录加工过程复杂，而导致干扰效果不理想。

另外，单从碱基数上来说，siRNA一般为19nt， shRNA一般长度为21nt或25nt，所以有效的siRNA，往往有可能会出现并不合适做成shRNA的情况。