GFP、EGFP、 ZsGreen都是绿色荧光蛋白，由蓝光激发，发射绿光，激发光在 488nm 附近，发射光在 507nm 附近。

他们的主要区别在于：GFP 是在水母发现的，由 239 个氨基酸组成的单体蛋白质，蛋白分子约为 27kD；EGFP 是 GFP 的增强版，是一种弱二聚体，EGFP 是由野生型绿色荧光蛋白 GFP 通过氨基酸突变和密码子优化而来的，与 GFP 相比，EGFP具有更强更稳定的荧光。ZsGreen 来源于造礁珊瑚，是四聚体，和 GFP 相比，序列差异大(EGFP 大小 720bp，ZsGreen 大小 696bp)，ZsGreen具有更强更稳定的荧光，但不适合和目的基因融合。