FRET的荧光选择有几个基本原则：1.能量供体的发射光谱与能量受体的吸收光谱必须重叠；2.能量供体与能量受体的荧光生色团必须以适当的方式排列；3.供体与受体的激发光谱要足够分离。可以选择已知的荧光团对进行FRET实验，例如CFP/YFP、CFP-dsRED、YFP-dsRED、BFP/GFP、GFP-dsRED、FITC-Rhodamine、FITC/Cy3、Alexa488-Alexa555等。