常用的载体可以按照属性、进入受体细胞的类型以及功能进行分类：

① 按照属性分为病毒载体和非病毒载体：病毒载体是以病毒为基础的基因载体，对病毒基因组进行操作和改造，使它携带外源基因和相关基因元件，并被包装成病毒颗粒。包括慢病毒、腺病毒、腺相关病毒、逆转录病毒等。非病毒载体一般是指质粒DNA，也可以是无载体的核酸，如反义寡核苷酸、siRNA等，主要是利用非病毒的载体材料的物化性质来介导基因的转移。

② 按照进入受体细胞的类型分为原核载体、真核载体和穿梭载体：原核载体是指能在原核细胞种复制和表达的载体；真核载体是指能在真核细胞中复制和表达的载体；穿梭载体也叫转移载体，原核和真核生物2个复制子，能够在原核和真核两种宿主细胞中复制和扩增，并且可以在真核细胞中有效表达。

③ 按照功能分为克隆载体和表达载体：克隆载体是指具有克隆载体的基本元件（复制起始位点，抗性基因，多克隆位点等)，可以携带DNA片段或外源基因进入受体细胞并能够大量复制从而实现外源基因扩增的载体；表达载体是除了具有克隆载体的基本元件外，还有可以表达调控目的基因的元件，即转录翻译所必需的表达调控元件，如启动子、核糖体结合位点、终止子等，从而使整合在载体上的外源基因能在受体细胞中高效表达。