一个基因的多个转录本通常是以下一种原因或者几种原因共同导致：

（1）alternative splicing（选择性剪接）：生物的基因序列中，包含了内含子与外显子，两者交互穿插，组成基因。一般情况下外显子才是能够转录成 mRNA 的片段，选择性剪接将同一基因中的外显子以不同的组合方式来表现，产生不同的蛋白质。

（2）alternative promoter usage（可变启动子）：一个基因中可含有一个或多个启动子。可变启动子通过选择不同的转录起始位点，引起一个基因５'UTR 序列的改变进而影响 mRNA的翻译，可变启动子可能产生相同的蛋白；可能会导致编码蛋白Ｎ末端的长度发生改变，继而改变原蛋白的空间结构和生物学功能；也可能产生不同的蛋白，如 CDKN2A，编码两种完全不同的蛋白质。

（3）alternative initiation（选择性翻译起始）：同一条 mRNA 中使用不同的翻译起始密码子，通常情况下产生出仅仅在 N 端有差别的蛋白质序列。

（4）ribosomal frameshifting（核糖体移位）：一种翻译重编码机制，其导致核糖体改变其对遗传密码的读取，产生两种甚至更多种不同的蛋白质；多出现在病毒中，但是在真核生物中也有报道。