融合表达多用于目的蛋白亚细胞定位、蛋白互作等研究，可将目的蛋白基因和荧光蛋白基因融合到同一质粒或病毒载体中，构建融合基因表达载体，并转染至细胞内，表达的融合蛋白能行使目的蛋白的生物学功能，又有荧光蛋白的发光特点。如果不需要进行蛋白定位等实验，荧光可以不与基因融合，此时荧光作为转染效率的指标之一。