我想过表达一个基因,但是为什么NCBI上显示有好多isoform,还有很多transcript variant,这些是什么意思?我应该选哪个做实验呢?

我想过表达一个基因,但是为什么NCBI上显示有好多isoform,还有很多transcript variant,这些是什么意思?我应该选哪个做实验呢?

By 11111_ at 2024-03-19
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我想过表达一个基因,但是为什么NCBI上显示有好多isoform,还有很多transcript variant,这些是什么意思?我应该选哪个做实验呢?

1 个回复 | 最后更新于 20 天前
橘子
20 天前
#1

isoform对应的是在蛋白水平上的同源异构体,transcript variant指的是RNA水平的转录本,有时不同的variant可能对应一个isoform。

一个基因的多个转录本的产生通常是以下一种原因或者几种原因共同发生导致:选择性剪接;可变启动子;选择性翻译起始;核糖体移位(一种翻译重编码机制,多出现在病毒中)。

选择转录本需要查阅文献,哪个转录本是符合自己研究目的的。实在不知道选择哪个转录本的时候,可以尝试这几种方式:结合uniprot查询经典转录本,选经典转录本进行实验;用不同转录本的NM号和关键词到NCBI上去查,哪个NM号文章多,就用哪个;或者选择最长转录本进行实验,一般情况下,最长转录本是包括所有蛋白序列的,但有时也出现最长转录本缺失一部分序列。



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