siRNA是直接合成的双链RNA，进入细胞内参与RNAi途径，使靶基因沉默。慢病毒携带的shRNA则需要先整合至细胞基因组，再利用细胞内的Dicer酶生成相应的siRNA，发挥RNAi作用。正常来讲siRNA的瞬时作用效果本来就比shRNA要好些，另外还需要考虑感染效率的问题，如果病毒感染效率不高，整合的shRNA就会更少，效果自然更差，这种情况建议可以通过药物筛选，提高阳性细胞的比例，理论上来说会提高一些敲低效率。另外，细胞内的信号一般都存在反馈机制，可能是目的基因本身的负反馈机制导致回补现象。