涉及荧光蛋白应用时，选择合适的荧光蛋白是实验成功关键之一。可以从八个方面考虑：

① 激发峰/发射峰：荧光蛋白激发波长和发射波长要在荧光显微镜的检测范围内，多种荧光蛋白同时使用时，不同荧光蛋白的波长之间需相差50-60nm以上；

② 单体性质：融合表达更推荐用单体荧光蛋白，多聚体会影响目的基因的功能和定位等；

③ pK值：荧光蛋白的pK值决定其最适pH；

④ 亮度：选择亮度高的便于成像和检测；

⑤ 光稳定性：便于稳定成像；

⑥ 成熟时间：形成发光基团需要一定的时间；

⑦ 氧气：许多荧光蛋白的成熟需要氧气，特别是衍生自GFP的那些荧光蛋白。

⑧ 温度：温度也会影响荧光蛋白的成熟时间和荧光强度，例如EGFP适合在37℃下使用。