标签蛋白加在目的蛋白的N端还是C端，主要考虑以下几点：

①对于蛋白太小容易被降解的和比较难表达的蛋白，蛋白标签可以加在N端。

② 如果目的蛋白的C端内部折叠，融合蛋白放在C端可被检测到的可能性非常小，此时蛋白标签需放在N端。

③ 如果目的蛋白是分泌蛋白或在N端有特殊结构，蛋白标签可以加在C端。

④ 在目的蛋白结构未知的情况下，可以分别于两端构建标记的表达克隆，以确定哪个更有效。