siRNA和shRNA在结构上是不一样的，siRNA是化学合成的，分子较小，转染效率可以的情况下，进入细胞的分子量特别多，且不需要经过剪切加工就可以和靶点结合，干扰效率高。
shRNA是将干扰片段克隆到DNA上，经过病毒整合（慢病毒）或非整合（腺病毒，腺相关病毒）进入到细胞后，转录形成发夹RNA，再经过一系列酶的剪切加工，才形成可以和靶点结合的干扰RNA。
这个过程中因为拷贝数低（如慢病毒需要整合基因组），转录加工过程复杂，会导致干扰效果可能不如siRNA理想。