就荧光蛋白和荧光素酶比较而言，荧光素酶更适合用于活体成像观察，它的荧光穿透力更强，由其底物催化发光（即生物发光），因此观察到的背景低、效果好，且底物对动物的生理状态几乎没有影响；而荧光蛋白需要特定波长的激发光激发出荧光，有趣的是动物体的毛发等组织也会因此表现出荧光，导致出现背景影响观察；通过对观测部位剃毛，可减少背景。

另一方面，根据后续实验需求选择，如果需要切片或分离细胞观察荧光，则选荧光蛋白。其中绿色荧光蛋白和红色荧光蛋白都是比较常用的，为兼顾活体成像我们更推荐使用红色荧光蛋白，红色荧光或近红外荧光的波长较长，荧光穿透更好，更利于活体成像观察。

还有一点关于检测方面的，荧光素酶属于底物催化的生物发光，做活体成像检测时无需设置激发光，如果观察过程中出现背景荧光可考虑下是不是这里设置有误。