选择将标签融合到目标蛋白的C端还是N端，很大程度上取决于蛋白本身：蛋白的折叠方式，以及末端是否有功能要求。一般来说，对于蛋白太小容易被降解的或比较难表达的蛋白，蛋白标签会选择加在N端；其次目的蛋白的C端有内部折叠结构，也会选择将标签蛋白放在N端；如果目的蛋白是分泌蛋白或在N端有特殊结构，就会遇到在目的蛋白被切掉或被包埋的风险，此时蛋白标签需放在C端。