ChIP实验首选用ChIP级抗体，是实验成功的关键因素。ChIP级抗体识别的蛋白表位与WB和一般IP实验是有区别的，并且能够耐受高盐、低盐及多种去垢剂的洗涤。如果目标蛋白没有对应特异性抗体可用，除了定制抗体外，还可以给目标蛋白融合标签，通过标签蛋白检测目标蛋白。