垂悬碱基是指在核苷酸序列的端点处存在的不能与mRNA序列相应位置互补的碱基，在实验中，垂悬碱基的存在使端点处更容易发生解链，从而增加基因沉默效率。另一方面，垂悬碱基可以使双链siRNA更稳定。一般是siRNA用，质粒或病毒载体上的shRNA不需要。