1）LncRNA大部分是定位于细胞核内， RNAi 机制在细胞质效率远高于细胞核，所以实验前最好弄清楚LncRNA的定位，如果定位于核内就不建议选择siRNA，可以考虑设计ASO进行干扰；

2）LncRNA 是具有高度二级结构的RNA，可能影响siRNA 与 lncRNA 的结合；
3）LncRNA 与 DNA 及蛋白形成复合体，同样阻碍 RISC 复合体与 lncRNA 的结合效率；
4）LncRNA 在多种类型细胞或模型中表达丰度低，可能会影响干扰效果的判定。