质粒可以随机整合在基因组，但是质粒转染细胞效率不如慢病毒高，且整合概率极低，且容易出现随着细胞传代外源基因丢失的情况。而慢病毒因其感染效率高，且可以长期稳定的整合在基因组，在构建及筛选过程中相比质粒工作量要少一些，且细胞具有在后续传代过程中也不容易丢失。