一般放在蛋白C端的比较多。理论上其实N端和C端都是可以放的，只不过蛋白质N端一般会有一些信号肽和重要的功能结构域，放N端对蛋白功能影响可能会比较大，如果有信号肽的话随着信号肽后续被剪切，WB可能会杂不到标签信号，所以一般放在C端比较多。当然具体想放哪段可以结合实验具体需求和目的蛋白本身来具体安排设计即可。