ASO和siRNA均是RNA干扰技术，是沉默lncRNA手段。因为不同lncRNA在细胞中定位不同，所以两者的干扰效率不同，这就要求针对不同的lncRNA，慎重选择RNA干扰手段。针对细胞质中的lncRNA分子，siRNA可以取得较好的干扰效率，对一些核内的分子也有不同的干扰作用; 外源dsRNA进入细胞后产生的小分子干扰RNA（small interfering RNA, siRNA）的反义链和多种核酸酶形成了沉默复合物(RNA-induced silencing complex，RISC)，RISC具有结合和切割mRNA的作用而介导RNA干扰的过程。胞浆定位的lncRNA由RNA-RNA形成的二元复合物以RISC的形式被Dicer酶降解，反义寡核苷酸( antisense oligonucleotides，ASOs)是一种RNA/DNA混合寡核苷酸，可以特异性结合lncRNA并招募RNA酶H（核糖核酸酶H，是一种核糖核酸内切酶，可以特异性地水解DNA-RNA杂合链中的RNA）进行切割，因而对不同细胞定位的lncRNA 均具有较高的干扰效率。