简单来说，miRNA与靶基因之间的结合是碱基之间的配对结合；转录因子与启动子是蛋白质结构域与DNA序列的相互作用结合，影响二者结合的可能不仅仅是结合位点，或许启动子上的其他区域也可能参与调节或者这些区域与启动子活性有关，随意截短的话会导致结果不可靠。