lncRNA是长链非编码RNA，转录出来的RNA并不会翻译成蛋白质。2A肽是在蛋白水平实现基因的分隔表达，所以不能用于此种载体设计。IRES可在RNA水平实现基因分隔表达，但是转录出来的RNA是荧光蛋白序列、IRES和lncRNA序列的融合，荧光蛋白和IRES序列可能会严重影响lncRNA功能，所以也不建议使用。一般都会选择双启动子载体，分别启动荧光及lncRNA。