影响转染效率的因素主要有以下几点：

细胞因素，细胞的状态对转染效率的影响较大。要确保细胞未被污染以及细胞处在对数期。如果是贴壁细胞的话，贴壁率应该在50%~70%。转染时细胞密度过高或者过低都会导致转染效率降低，乃至表达水平偏低。

核酸因素，转染载体的质量也影响转染结果。如果DNA 不纯，OD260/OD280<1.6，表示存在蛋白或者酚类污染，会影响核酸-转染试剂复合物的形成，从而降低质粒的转染效率。质粒抽提过程中如果存在内毒素会影响到细胞状态甚至导致细胞死亡，建议用无内毒素质粒抽提试剂盒进行质粒提取。

转染条件，是否是最优转染条件进行转染。正式实验前，一般需要根据说明书，设置一系列梯度对核酸/转染试剂比例进行摸索，选择最佳组合作为后续转染条件。