siRNA和shRNA在结构上是不一样的，siRNA为化学合成，使用浓度一般为5μM，浓度较高，如细胞转染效率尚可，瞬时进入细胞中的分子数超过10^8，且不需要经过剪切加工就可和靶点结合，干扰效率高。
shRNA则是将干扰基因克隆到载体上，经过病毒整合（慢病毒）或非整合（腺病毒，腺相关病毒）进入到细胞后，转录形成发夹RNA，再经过一系列酶的剪切加工，才形成可以和靶点结合的干扰RNA。这个过程中因为拷贝数低（如慢病毒需要整合基因组），转录加工过程复杂，会导致干扰效果不理想。
另外，单从碱基数上来说，siRNA一般为19nt， shRNA一般长度为21nt或25nt，所以有效的siRNA，往往有可能会出现并不合适做成shRNA的情况。