siRNA下调效果很好,但是包装成shRNA病毒后,下调效果变差是什么原因?

siRNA下调效果很好,但是包装成shRNA病毒后,下调效果变差是什么原因?

By 梧桐树下 at 2023-05-10
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1 个回复 | 最后更新于 2023-05-10
summer
2023-05-10
#1

siRNA和shRNA在结构上是不一样的,siRNA为化学合成,使用浓度一般为5μM,浓度较高,如细胞转染效率尚可,瞬时进入细胞中的分子数超过10^8,且不需要经过剪切加工就可和靶点结合,干扰效率高。
shRNA则是将干扰基因克隆到载体上,经过病毒整合(慢病毒)或非整合(腺病毒,腺相关病毒)进入到细胞后,转录形成发夹RNA,再经过一系列酶的剪切加工,才形成可以和靶点结合的干扰RNA。这个过程中因为拷贝数低(如慢病毒需要整合基因组),转录加工过程复杂,会导致干扰效果不理想。
另外,单从碱基数上来说,siRNA一般为19nt, shRNA一般长度为21nt或25nt,所以有效的siRNA,往往有可能会出现并不合适做成shRNA的情况。


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