瞬时转染，即外源基因不整合到宿主染色体中，一个宿主细胞中可存在多个拷贝数，产生高水平表达，但通常只持续几天，一般在转染后24~72h小时内即可对结果进行分析。

稳定转染，外源DNA片段整合到宿主细胞染色体上，插入片段随宿主细胞一起复制并分裂到子代细胞中，实现长期稳定表达。外源DNA整合到染色体中的概率很小，通常需要载体上带有选择性标记基因，如杀稻瘟菌素（blasticidin），嘌呤霉素(Puromycin)等，通过药物筛选来获得稳定转染的细胞。除此之外，也可以使用流式细胞仪进行筛选。