荧光蛋白的亮度与启动子、表达方式和连接原件等有关：

1）不同启动子诱导荧光蛋白表达的强弱不同，如 UBC 相对于 EF1α、CAG、CMV 等强启动子表达较弱；

2）融合或非融合表达与荧光强度也有很大关系，融合表达时荧光蛋白可能出现错误折叠等现象，导致检测不到荧光信号或荧光较弱；非融合表达时一般选择连接肽作为连接原件，如 2A 肽或 IRES 将 ORF 分隔开；

3）带荧光的慢病毒感染细胞后，荧光的强度取决于病毒进入到细胞的颗粒数、细胞状态、细胞类型、观察时间等因素，荧光表达的强度与目的细胞感染病毒的颗粒数正相关，一般感染细胞后72h 观察荧光强度最佳，而增殖较慢的细胞可以适当延长时间；

4）也可能会遇到过表达的慢病毒比对照的荧光要暗的情况，这主要是因为基因的插入，会影响位于下游的荧光蛋白表达。