Cas9 的核酸酶剪切活性取决于两个结构域：RuvC 和 HNH。这两个结构域分别负责切割
DNA 链的两条链，并且这两个结构域能够单独地被人工点突变失活。两种突变体的 Cas9 仍
然具有核酸酶活性，可对靶向序列进行剪切作用。当 RuvC 和 HNH 同时处于失活状态时，Cas9将不具有核酸酶活性，成为 dCas9(dead Cas9)。dCas9 虽然没有剪切 DNA 的能力，但仍然可以保留由 gRNA 引导进入基因组的能力。