想自己设计sgRNA,有什么需要注意的吗?

想自己设计sgRNA,有什么需要注意的吗?

By 炫彩大摆锤 at 2023-02-09
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设计sgRNA要注意哪些问题?

1 个回复 | 最后更新于 2023-02-09
下一班
2023-02-09
#1

一般要注意以下5个方面:

1、评分:在线网站预测评分较高的

2、靶点序列:避免出现连续4个及以上的T;如果用U6或T7启动子驱动sgRNA的表达载体,需要考虑sgRNA的5'碱基是否为G或GG。

3、CG含量:一般在40%~60%之间较好。

4、靶点位置:需要设计在CDS区;要在独立外显子上,尽量靠近蛋白N段,一般是在编码区前1/3的位置;多个靶点之间序列不重叠,避免snp影响靶点有效性。

5、特异性:默认针对同源区设计,在基因组其他位置,至少出现错配3个碱基。


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