RNAi是针对转录水平的调控，到蛋白多一步翻译，某些情况下不能保证完全与蛋白水平一致。
1）该蛋白的半衰期比较长，这个需要用测定半衰期的方法检测，具体是用一些蛋白合成抑制剂处理后，隔一定时间检测该蛋白的水平；
2）该蛋白有多种转录本，可能有不同isoform的蛋白，要确定下是不是siRNA是针对所有的转录本；
3）另外最后的可能就是该基因的翻译效率较高，较少mRNA仍能维持较高的蛋白水平