第三代慢病毒包装系统只能包装第三代的慢病毒转移载体。但是第二代慢病毒包装系统既能包装第二代，也能包装第三代的慢病毒转移载体。第三代慢病毒转移载体上的5’ LTR中的U3元件是被一个外源启动子替代（如CMV启动子或者RSV启动子），使其不依赖Tat蛋白进行HIV RNA基因组的转录，故第三代慢病毒包装系统的包装质粒不含Tat蛋白。第二代慢病毒转移载体上的5’ LTR是野生型的LTR，含有U3、R和U5元件，依赖Tat蛋白转录HIV RNA基因组，故第二代慢病毒包装系统的包装质粒含有Tat蛋白。