自噬双标病毒系统的话，荧光用于标记及追踪LC3：由于GFP荧光蛋白对酸敏感，当自噬体与溶酶体融合后GFP荧光淬灭，GFP的减弱可以指示溶酶体与自噬小体的融合形成自噬溶酶体。