可以做，但是背景太高，灵敏度低，高分文章还是建议生物发光(用荧光素酶来标记)。相对来说，红光的穿透性在体内比蓝绿光的穿透性要好得多，可以选择近红外荧光作为观测生理指标。荧光发光是通过激发光激发荧光基团到达高能量状态，而后产生发射光；常用的有绿色荧光蛋白(GFP)、红色荧光蛋白 DsRed 及其它荧光报告基团；虽然荧光信号远远强于生物发光，但非特异性荧光产生的背景噪音使其信噪比远远低于生物发光。目前大部分高水平的文章还是应用生物发光的方法来研究活体动物体内成像。但是，荧光成像有其方便，便宜，直观，标记靶点多样和易于被大多数研究人员接受的优点，在一些植物分子生物学研究和观察小分子体内代谢方面也得到应用。对于不同的研究，可根据两者的特点以及实验要求，选择合适的方法。在许多文献报道的实验中，利用绿色荧光蛋白和荧光素酶对细胞或动物进行双重标记，用成熟的荧光成像技术进行体外检测，进行分子生物学和细胞生物学研究；然后利用生物发光技术进行动物体内检测，进行活体动物体内研究。