野生型腺相关病毒感染人体细胞后，由于其rep基因、ITR序列结构和宿主基因组的相互作用，可能倾向整合到19号染色体短臂上的AAVS1位点，在小鼠中是倾向整合到ROSA2.6基因位点，而改造过的重组型腺相关病毒rAAV，由于基因组上已经去除了rep和cap基因，因此失去了整合到宿主基因组的特性。rAAV在体内组织，特别是在肌肉组织中，在宿主基因组染色体以外以附加子(episome)的双链DNA形式存在，持续稳定表达目的基因