qPCR引物最好跨内含子设计，其中一条扩增引物可以潜在地跨越实际外显子-内含子边界，由于含内含子的基因组DNA序列不会被扩增，因此这种设计可以减少从污染的基因组DNA中扩增得到假阳性的风险。

如果引物不能被设计成分离外显子或外显子-外显子边界，则有必要利用无RNA酶的DNA酶I或dsDNA酶处理RNA样品以除去基因组DNA污染。