在这个系统中，dCas9与Kox1的转录阻遏物结构域KRAB（Krüppel-associated box）融合在空间上可以干扰转录酶和靶位点的结合，起到抑制靶向基因转录的作用，这一过程称为CRISPRi（或CRISPR干扰）。dCas9蛋白是Cas9蛋白的突变体，即Cas9内切酶的RuvC1和 HNH两个核酸酶活性区域同时发生突变。因此，dCas9蛋白的内切酶活性全部消失，只保留由gRNA引导进入基因组的能力。