1）首先看种属，相同种属的基因不同转录本不会有特别多，有些转录本不一样但编码的氨基酸是一样的；2）不同转录本可能功能不一样，就过表达来说，最好是根据你组织里的转录本丰都来确定，克隆丰度最高的一个，设计尽量囊括全长的引物，P出来看看不同长度的PCR产物比例，最好把PCR产物同时送测序；3）如果实在想简易操作，就选择reference最多的isoform，或者longest的